Å bytte hovedkort vil ikke fjerne eventuelle virus som kan være tilstede på datamaskinen. Virus lagres vanligvis på harddisken eller andre lagringsenheter, og vil forbli selv om du bytter ut hovedkortet.

For å håndtere en virusinfeksjon på riktig måte, bør du vurdere andre metoder som å oppdatere antivirusprogramvare, kjøre skanninger, fjerne infiserte filer og potensielt reinstallere operativsystemet.