Det er ikke mulig å koble et PCI-e-kort til et PCI-spor. Kontaktene for de to standardene er forskjellige, og det er ingen adapter tilgjengelig for å konvertere mellom dem.
PCI-e-spor og kort har flere pinner og større kontakter enn PCI-spor og kort. PCI-e er også elektrisk forskjellig fra PCI:PCI-enheter fungerer på 3,3 V mens PCI-e-enheter kan enten operere på 3,3 V eller 12 V. De er ikke elektrisk kompatible og forsøk på å bruke den ene i den andre kan skade maskinvaren alvorlig.
