Det er ikke mulig å konvertere en FAT16-partisjon til NTFS ved å bruke Windows 98s innebygde verktøy. Tredjepartsprogramvare, som Partition Magic, kan imidlertid brukes til å utføre denne konverteringen. Du kan også prøve å bruke Diskbehandlingsverktøyet som følger med Windows 98 for å konvertere en partisjon fra FAT16 til NTFS, men dette fungerer kanskje ikke på eldre versjoner av Windows 98.