Harddisker (HDDer) er typene lagringsenheter som kan bli påvirket av fragmentering.

- HDDer er avhengige av fysiske spinnende disker for å lagre og hente data.

- Når filer lagres på en HDD, blir de brutt opp i mindre biter og lagret i forskjellige sektorer på disken.

- Over tid, ettersom filer legges til, slettes og endres, kan disse delene bli spredt over disken, noe som fører til fragmentering.

- Fragmentering kan redusere ytelsen til HDD-en ettersom lese-/skrivehodene må flytte rundt oftere for å få tilgang til forskjellige deler av filene.