Disketter har flere ulemper som har ført til gradvis nedgang i bruk:

Begrenset lagringskapasitet :Disketter har svært begrenset lagringskapasitet sammenlignet med dagens standarder. Det vanligste diskettformatet, 3,5-tommers diskett, kan bare lagre opptil 1,44 megabyte (MB) med data. Dette er veldig lite sammenlignet med moderne lagringsenheter som USB-flash-stasjoner og harddisker.

Lange dataoverføringshastigheter :Disketter har langsomme dataoverføringshastigheter. Standard 3,5-tommers diskett kan lese og skrive data med en maksimal hastighet på 250 kilobyte per sekund (KBps). Dette er veldig tregt sammenlignet med moderne lagringsenheter, som kan overføre data med megabyte eller til og med gigabyte per sekund.

Pålitelighetsproblemer :Disketter kan være upålitelige. De er svært følsomme for støv, skitt og magnetiske felt, som kan forårsake feil ved lesing eller skriving av data. I tillegg kan disketter lett bli skadet hvis de mistes eller utsettes for sterk varme eller kulde.

Mangel på bakoverkompatibilitet :Disketter er ikke bakoverkompatible med moderne datamaskiner. De fleste moderne datamaskiner har ikke diskettstasjoner, så de kan ikke lese eller skrive data fra disketter.

Foreldelse :Disketter regnes nå som foreldet lagringsteknologi. De er erstattet av mer pålitelige, høyere kapasitet og raskere lagringsenheter.