Minnet som finnes på USB-minnepinner fungerer veldig lik hvordan noen annen ekstern USB-harddisk fungerer . Dette betyr at det kan inneholde flere partisjoner og partisjon typer og er ikke begrenset til den typiske FAT32 format, som USB flash-minne vanligvis kommer pre -formatert fra fabrikken . Ved å formatere USB flash-minne, kan ulike partisjoner som inneholder forskjellige filsystemer bli plassert på stasjonen . USB flash- minne er også konfigureres til å starte opp datamaskinen. FAT /FAT32
p Dette er langt det vanligste formatet , nesten alle nye USB flash-minne -stasjoner kommer formatert med denne partisjon type som standard. FAT32 partisjon type støtter partisjoner enn 4 GB i størrelse og er den mest kompatible mellom flere operativsystemer .
NTFS

En USB -flash-minneenhet kan formateres med en NTFS partisjon tabellen for å arbeide med Microsoft Windows. Formatere en USB -minneenhet med NTFS å lage oppstartbar kopier av Microsoft Windows som kan installeres fra USB-minnet. Dette er nyttig for installasjon på netbook datamaskiner .
HFS +

Hierarkisk File System Extended er partisjonstabellen som brukes av Macintosh-maskiner. Hvis en USB -minneenhet skal brukes utelukkende med Mac OS X , formaterer USB-enhet med HFS + gjør ekstra funksjoner som filrettigheter at FAT32 ikke støtter.
EXT3 /EXT4

EXT filsystem brukes med GNU /Linux operativsystem. Ved å formatere en USB -minneenhet med EXT3 eller EXT4 partisjonstabellen type, kan en oppstartbar Linux-systemet lages på USB-enheten .