Musen starter et maskinvareavbrudd til CPU-en ved å sende et signal til avbruddskontrolleren. Avbruddskontrolleren er en maskinvarekomponent som administrerer avbruddsforespørsler fra ulike enheter og bestemmer prioriteten for hvert avbrudd. Når musen sender en avbruddsforespørsel, sender avbruddskontrolleren et signal til CPU, som stopper den nåværende oppgaven og begynner å utføre avbruddstjenesterutinen (ISR) for musen.

ISR er et stykke kode som er spesielt utviklet for å håndtere avbrudd fra musen. Den leser dataene fra musen, for eksempel posisjonen til musepekeren og eventuelle knappeklikk, og behandler deretter disse dataene. Når ISR har behandlet dataene, returnerer den kontrollen til CPU, som deretter kan fortsette å utføre sin forrige oppgave.

Prosessen med å generere og håndtere maskinvareavbrudd er avgjørende for at flere enheter skal kunne kommunisere med CPU-en samtidig. Ved å bruke avbrudd kan CPU-en effektivt bytte mellom oppgaver og svare på hendelser i tide.