MicroATX øker ikke den totale kostnaden for et system basert på antall utvidelsesspor på hovedkortet. MicroATX hovedkort har generelt færre utvidelsesspor sammenlignet med ATX hovedkort, noe som kan føre til lavere kostnad for selve hovedkortet. Kostnadsforskjellen er imidlertid vanligvis ubetydelig og påvirker ikke den totale systemkostnaden nevneverdig. Den totale kostnaden for et system avhenger av ulike faktorer, for eksempel de valgte komponentene (f.eks. CPU, GPU, minne, lagring), boksstørrelse, strømforsyning og tilleggsfunksjoner eller tilbehør.
