PDB står for Protein Data Bank. Det er et depot for tredimensjonale strukturelle data av store molekyler av biologisk betydning, som proteiner, DNA og RNA. PDB er et arkiv vedlikeholdt av Worldwide Protein Data Bank (wwPDB), et konsortium av Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) og Protein Data Bank Japan (PDBj). PDB inneholder eksperimentelt bestemte strukturer av biomolekyler, inkludert atomkoordinater, eksperimentelle forhold og andre relevante data. Dataene i PDB er fritt tilgjengelig for allmennheten og brukes av forskere til forskning, utdanning og legemiddeldesign.