Facebook-piksel sporer kun nettstedtrafikk, unntatt brukeraktiviteter i en mobilapplikasjon; i slike tilfeller brukes Facebook SDK. I tillegg fanger den ikke opp data fra inkognito- eller private nettlesingsmoduser, da informasjonskapsler er deaktivert i slike innstillinger. Dessuten, hvis brukere har blokkering av annonser eller informasjonskapsler på nettleserne deres som spesifikt retter seg mot og forhindrer Facebook-piksels aktiviteter, kan pikselsporing opphøre helt, noe som fører til unøyaktigheter i data.