Pro Tools bruker primært Audio Interchange File Format (AIFF) for lydfiler. AIFF er et tapsfritt format, noe som betyr at det ikke komprimerer lyddataene, noe som resulterer i høykvalitetslyd. Den brukes ofte i profesjonell lydproduksjon, inkludert Pro Tools, på grunn av påliteligheten, kompatibiliteten og evnen til å beholde den originale lydkvaliteten.

Pro Tools støtter også andre filformater, som WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), og AAC (Advanced Audio Coding). Disse formatene varierer med hensyn til komprimering, kvalitet og kompatibilitet med forskjellige lydprogramvare og enheter.

Avhengig av de spesifikke prosjektkravene, for eksempel hensyn til kompatibilitet, kvalitet og filstørrelse, kan brukere velge riktig filformat når de eksporterer eller importerer lydfiler i Pro Tools.