FAT-filsystemet har flere begrensninger:

Begrensninger for filstørrelse: FAT16 støtter en maksimal filstørrelse på 2 GB, mens FAT32 støtter en maksimal filstørrelse på 4 GB. Dette kan være en begrensning for store filer, for eksempel høyoppløselige bilder eller videoer.

Begrensninger for partisjonsstørrelse: FAT16 støtter en maksimal partisjonsstørrelse på 2 GB, mens FAT32 støtter en maksimal partisjonsstørrelse på 32 GB. Dette kan være en begrensning for store lagringsenheter, for eksempel harddisker eller solid-state-stasjoner.

Antall filer per katalog: FAT16 har en grense på 512 oppføringer per katalog, mens FAT32 har en grense på 65 536 oppføringer per katalog. Dette kan være en begrensning for kataloger med et stort antall filer.

Ytelse: FAT er ikke like effektivt som andre filsystemer, for eksempel NTFS, når det gjelder ytelse. Dette er fordi FAT må tildele plass til filer på en sammenhengende måte, noe som kan føre til fragmentering og tregere ytelse.

Sikkerhet: FAT har ingen innebygde sikkerhetsfunksjoner. Dette betyr at filer på en FAT-partisjon ikke er kryptert eller beskyttet mot uautorisert tilgang.

Samlet sett er FAT-filsystemet et enkelt og brukervennlig filsystem som passer for små lagringsenheter og enheter som ikke krever et stort antall filer eller store filstørrelser. For større lagringsenheter eller enheter som krever mer avanserte funksjoner, som sikkerhet og ytelse, anbefales det imidlertid å bruke et annet filsystem, for eksempel NTFS.