PDB-filer lagrer data knyttet til de tredimensjonale strukturene til proteiner, nukleinsyrer og deres komplekser; de genereres ved hjelp av røntgenkrystallografi eller NMR-spektroskopi.

Mer spesifikt er Protein Data Bank (PDB) et depot for eksperimentelt bestemte strukturer av proteiner, nukleinsyrer og andre biologiske makromolekyler. PDB-filer lagrer atomkoordinatene og andre relaterte data for disse molekylene, slik at forskere kan visualisere og analysere strukturene deres, og studere interaksjonene mellom forskjellige molekyler. PDB-filer er mye brukt i strukturell biologi, legemiddeldesign og andre forskningsområder.