CONFIG.SYS og AUTOEXEC.BAT er to filer som ble brukt i begynnelsen av MS-DOS og Windows. CONFIG.SYS ble brukt til å konfigurere systemet, mens AUTOEXEC.BAT ble brukt til å kjøre alle programmer som var nødvendig ved oppstart.

CONFIG.SYS var en tekstfil som var plassert i rotkatalogen til oppstartsstasjonen. Den inneholdt kommandoer som ble brukt til å konfigurere systemet, for eksempel minnebehandlingen, diskbufferen og nettverkskortet.

AUTOEXEC.BAT var også en tekstfil som var plassert i rotkatalogen til oppstartsstasjonen. Den inneholdt kommandoer som ble brukt til å kjøre programmer som var nødvendig ved oppstart, for eksempel ledeteksten, filbehandleren og antivirusprogramvaren.

CONFIG.SYS og AUTOEXEC.BAT ble ikke lenger brukt fra og med Windows ME. I stedet ble systemkonfigurasjonen lagret i registret, og programmer som var nødvendig ved oppstart ble lagt til oppstartsmappen.