Det finnes tre typer FAT-filsystemer:
- FAT12: FAT12 står for File Allocation Table med 12 biter, var den første typen FAT-filsystem og brukes fortsatt på svært små lagringsmedier med lav kapasitet som floppydisker. Den bruker 12 biter per FAT-oppføring, noe som begrenser det maksimale antallet støttede klynger og filer på et FAT12-volum. FAT12 støtter en maksimal partisjonsstørrelse på 16 MB.
- FAT16: FAT16 eller File Allocation Table med 16 biter, er et mer avansert FAT-filsystem som bruker 16 biter per FAT-oppføring, noe som tillater større partisjonsstørrelser og flere støttede filer/klynger sammenlignet med FAT12. FAT16 ble mye populært på 1980- og 1990-tallet og ble ofte brukt på harddisker, da det ga bedre ytelse og mer lagringsplass enn FAT12. FAT16 støtter en maksimal partisjonsstørrelse på 2 GB.
- FAT32: FAT32 eller filallokeringstabell med 32 biter, er en betydelig oppgradering i forhold til FAT16 og ble utviklet for å møte begrensningene til forgjengerne. FAT32 bruker 32 biter per FAT-oppføring, og øker dramatisk det maksimale antallet støttede filer/klynger og tillater større partisjonsstørrelser. FAT32 er fortsatt ofte brukt i dag på USB-flash-stasjoner, minnekort og eldre operativsystemer. Den støtter en maksimal partisjonsstørrelse på 2 TB, selv om noen implementeringer kan ha en mindre grense.