The FASTA filformat er en tekst - basert format som brukes til å representere nukleotid og peptid -sekvenser med single- bokstavkoder . Formatet stammer med FASTA programvarepakken , som ble utviklet ved University of Virginia. Den FASTA formatet har utviklet seg til en standard innen bioinformatikk . Det er mulig å laste ned FASTA programvarepakken og lage og sammenligne sekvenser på din egen Mac. Du trenger
FASTA kjørbart program for Mac OS X
Terminal program
Vis flere instruksjoner
en

Last ned en kjørbar av FASTA bygget for Mac OS X ( se Resource 1 ) . Professor WR Pearson ved University of Virginia opprettholder et nettsted med kildekode og binære kjørbare filer for en rekke plattformer . Per februar 2012, er den siste binære versjonen av FASTA for Mac OS X fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
2

Åpne et Finder-vindu og naviger med venstre sidebar til din nedlastningsmappe . Dobbeltklikk på FASTA kjørbare binære filen du lastet ned . Dette vil dekomprimere og dearkiver pakken for å lage en undermappe kalt " fasta - 35.4.11 " i nedlastningsmappe .
3

Åpne et terminal vindu og naviger til mappen Nedlastinger fra kommandolinjen . Kommandoen i Terminal vil være " cd Downloads " hvis du bruker standardinnstillingene for systemet . Fra Nedlastinger- mappen , skriv "cd fasta - 35.4.11 " å gå inn i FASTA mappen .
4

Skriv kommandoen " bin/fasta35 -q seq/mgstm1.aa seq /prot_test . LSE "i Terminal -vinduet . Dette vil kjøre en test spørring sekvens mot en test bibliotek . Hvis denne kommandoen utføres riktig, vil du se et sammendrag av skanning ganger og rekkefølge rester .
5

Lag en FASTA fil ved hjelp av tekst editor , for eksempel TextEdit applikasjonen eller vi kommandoen fra Terminal . En FASTA fil er en enkel tekstfil . Den første linjen i filen skal inneholde en "> "-tegnet etterfulgt av en sekvens identifikator. Din FASTA filen skal inneholde en DNA-sekvens på de resterende linjene .