Windows 98 støtter først og fremst følgende filsystemer:

* fett16: Dette var standard filsystem for DOS og tidlige Windows -versjoner. Det var standardfilsystemet for mindre harddisker og disketter.

* fett32: FAT32 ble introdusert med Windows 95 OSR2, og tilbød større lagringskapasitet sammenlignet med FAT16 og ble det foretrukne filsystemet for harddisk.

Windows 98 hadde også begrenset støtte for følgende:

* ntfs: Mens Windows 98 kunne lese NTFS -volumer, det kunne ikke skrive til dem. Dette betydde at du kunne få tilgang til filer på NTFS -partisjoner, men du kunne ikke opprette nye filer, mapper eller endre eksisterende.

Det er viktig å merke seg at Windows 98 ikke førte til noen andre filsystemer som Ext2/3/4 (Linux) eller HFS+ (MacOS).