Det er noen viktige årsaker til at Linux-programmer ikke kjører i Windows:

Ulike operativsystemstrukturer :Windows og Linux er bygget på forskjellige operativsystemkjerner. Linux-kjernen er basert på den monolitiske kjernearkitekturen, mens Windows bruker en mikrokjernearkitektur. Dette betyr at Linux-kjernen er et enkelt, stort stykke programvare som håndterer alle operativsystemets oppgaver, mens Windows-kjernen er bygd opp av flere mindre komponenter som jobber sammen for å utføre forskjellige oppgaver. Denne grunnleggende forskjellen i arkitektur gjør det vanskelig for Linux-programmer å kjøre i Windows.

Ulike systemanrop :Systemanrop er måten programmer samhandler med operativsystemet. Linux og Windows bruker forskjellige sett med systemanrop, så Linux-programmer kan ikke gjøre de samme systemanropene som Windows-programmer gjør. Dette betyr at Linux-programmer må skrives om for å bruke Windows-systemanropene for å kjøre i Windows.

Ulike filformater :Linux og Windows bruker forskjellige filformater for kjørbare programmer. Linux-programmer er vanligvis kompilert til ELF-filer (Executable and Linkable Format), mens Windows-programmer vanligvis kompileres til PE-filer (Portable Executable). Dette betyr at Linux-programmer ikke kan kjøres direkte av Windows.

Ulike biblioteker :Linux og Windows bruker forskjellige sett med biblioteker. Linux-programmer er vanligvis koblet til GNU C Library (glibc), mens Windows-programmer vanligvis er koblet til Microsoft C Runtime (MSVCRT). Dette betyr at Linux-programmer må rekompileres med Windows-bibliotekene for å kjøre i Windows.

I tillegg til disse tekniske utfordringene er det også juridiske utfordringer som kan hindre Linux-programmer i å kjøre i Windows. Noen Linux-programmer er utgitt under GNU General Public License (GPL), som krever at eventuelle modifiserte versjoner av programmet også utgis under GPL. Dette kan gjøre det vanskelig for utviklere å portere Linux-programmer til Windows, da de kanskje ikke kan oppfylle kravene til GPL.