I Puppy Linux er standard kommandolinjeskall BusyBox-skallet, også kjent som ash. Dette er et lett og allsidig skall som gir standard Linux-kommandolinjefunksjonalitet. Andre ofte brukte skjell i Puppy Linux inkluderer Bash-skallet (Bourne-Again SHell) og Zsh (Z Shell). Brukere kan enkelt bytte mellom forskjellige skall ved å endre SHELL-miljøvariabelen eller ved å påkalle ønsket skall direkte fra terminalen.