Det er ingen driftsmodus som kan brukes til å kjøre Windows 98-applikasjoner som er installert på Windows Vista direkte. Programmer som er utviklet for Windows 98 er ikke kompatible med Windows Vista og kan ikke kjøres på den. Dette er på grunn av de betydelige endringene og forbedringene som ble introdusert i Windows-operativsystemet fra Windows 98 til Windows Vista.