Windows 2000 og XP bruker primært NTFS (nytt teknologifilsystem) filsystem.

Mens de fremdeles kan lese og skrive til den eldre fett (filallokeringstabellen) 32 Filsystem, NTFS er standard og tilbyr betydelige fordeler, for eksempel:

* Sikkerhet: NTFS støtter granulære tilgangskontrolllister (ACL-er), noe som gir mulighet for finkornet kontroll over fil- og mappetillatelser.

* Journaling: NTFS holder en logg over endringer i filsystemet, noe som gir mer pålitelig gjenoppretting i tilfelle systemkrasj eller feil.

* komprimering: NTFS gir mulighet for komprimering av filer og mapper, og sparer diskplass.

* Større filer og volumer: NTFS støtter mye større filstørrelser og volumer enn FAT32.

* Kryptering: NTFS gir innebygde krypteringsfunksjoner for å beskytte sensitive data.

Derfor, mens FAT32 fremdeles kan brukes til spesifikke formål som eksterne stasjoner eller eldre applikasjoner, er NTFS det dominerende filsystemet for Windows 2000 og XP.